En 1924, el rector Carlos Casanueva fundó la Facultad de Comercio y Ciencias Económicas de la Pontificia Universidad Católica de Chile, la primera de su tipo del país.

Comprometidos con la formación de excelencia, en 1956 se concretó una alianza con la Universidad de Chicago, cuyo propósito fue mejorar los programas de enseñanza e investigación en materia económica, así como potenciar la formación de profesionales influyentes en la política, el desarrollo y la economía de Chile. Este convenio permitió que exalumnos de la Facultad realizaran cursos de postgrado en esa casa de estudios norteamericana.

En 1972 se creó el Instituto de Economía UC. Ese mismo año, el Instituto instauró su programa de Magíster en Economía con el apoyo de la Fundación Ford. Su propósito fue –y sigue siendo- entregar una sólida formación en teoría económica y análisis de problemas aplicados con especial énfasis en las economías de desarrollo. Desde entonces, más de más de mil profesionales han recibido el grado de Magíster en Economía en el Instituto.

Ernesto Fontaine crea el Curso BID-ODEPLAN, alojado en el Instituto de Economía y precursor del CIAPEP, Curso Interamericano en Preparación y Evaluación de Proyectos de Inversión (1976-2006)

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Años más tarde, el 2002, se creó el Doctorado en Economía, conducente al grado de Doctor en Economía, el más alto grado académico otorgado por la Universidad. Quienes obtienen el grado de Doctor en Economía han llegado a la frontera de la disciplina, y están capacitados para investigar, enseñar o desempeñarse profesionalmente al más alto nivel.

En 2018 se crea el Magíster en Economía Aplicada, programa de carácter aplicado, cuyo objetivo es formar profesionales de excelencia en el área económica entregando al egresado las herramientas necesarias para desenvolverse exitosamente en el ámbito público o privado. Actualmente, el director del Instituto es Tomás Rau, en el cargo desde el 2020.